Más de 30 virus, bacterias y parásitos causan enfermedades de transmisión sexual. Muchos de estos organismos dependen casi por completo en la transmisión sexual para sobrevivir. 

En otras palabras, si el paciente tiene una de estas infecciones, es muy probable que su infección esté provocada por el contacto sexual.

Algunos de los microbios responsables de las patologías son entre otros.

• Las bacterias que causan la gonorrea (Neisseria gonorrhoeae)
• LLas bacterias que causan la sífilis (Treponema pallidum)
• Las bacterias que causan la uretritis, cervicitis y enfermedad inflamatoria pélvica (Chlamydia trachomatis)
• Las bacterias y los parásitos intestinales que causan dolor rectal y anal, a veces con diarrea grave
• Los organismos unicelulares que causan la uretritis, vaginitis, cervicitis y enfermedad inflamatoria pélvica (Trichomonas vaginalis)
• Los virus que causan el cáncer cervical y anal (virus del papiloma humano, también conocido como VPH, los tipos 16, 18, 31, 33, 45, 52 y 58)
• Los virus que causan herpes genitales (virus del herpes simple, también conocido como el VHS, por lo general de tipo 2, pero a veces de tipo 1)

La actividad sexual juega un papel en la difusión de muchos otros agentes infecciosos, aunque es posible coger estas infecciones, sin contacto sexual. Los virus capaces de propagarse tanto a través del contacto sexual y no sexual cercano incluyen el virus de Epstein-Barr, responsable de la mononucleosis y un virus llamado citomegalovirus relacionados. 

La hepatitis A, es una infección viral que generalmente se contrae por alimentos contaminados y agua, a veces pasa entre las parejas sexuales, sobre todo los hombres que tienen sexo con hombres. El mismo patrón de transmisión se produce con varias bacterias comunes de alimentos y por el agua y los parásitos, como Shigella, Cryptosporidium y Giardia lamblia.