La faringoamigdalitis es una enfermedad infecciosa y por tanto, adquirida por contagio, bien a través del aire (al toser o estornudar) o bien por contacto directo.

Conviene desterrar ciertos mitos como el que la enfermedad se produce por no abrigarse lo suficiente, por beber líquidos fríos o comer helados, por exponerse a corrientes de aire, etc.

En la mayoría de los casos, los causantes son los virus: 90% a 95% de las veces en menores de 3 años y 50% a 70% de las veces en niños mayores de 5 años. En el resto de ocasiones están producidas por bacterias, siendo la más frecuente el estreptococo

Las amígdalas producen ciertos tipos de glóbulos blancos que combaten la enfermedad. Así que las amígdalas se cree que actúa como primera línea del sistema inmunológico de defensa contra bacterias y virus que entran en la boca.

Esta función puede hacer que las amígdalas particularmente vulnerables a la infección y la inflamación. Sin embargo, la amígdala es la función del sistema inmunológico disminuye después de la pubertad, un factor que puede explicar los raros casos de amigdalitis en adultos.