La microcefalia generalmente es el resultado del desarrollo anormal del cerebro, que puede ocurrir en el útero (congénita) o en la infancia. La microcefalia puede ser una enfermedad hereditaria. Otras causas pueden ser:

• La craneosinostosis: La fusión prematura de las articulaciones (suturas) entre las placas óseas que forman el cráneo de un bebé mantiene que el cerebro en crecimiento.  El tratamiento de la craneosinostosis por lo general significa que el bebé necesita una cirugía para separar los huesos fusionados. Si no hay ninguna anomalía cerebral subyacente, la cirugía permite que el espacio adecuado del cerebro a crecer y desarrollarse
• Anomalías cromosómicas. síndrome de Down y otras condiciones pueden causar la microcefalia
• Disminución de oxígeno en el cerebro fetal (anoxia cerebral): Ciertas complicaciones del embarazo o el parto puede poner en peligro el suministro de oxígeno al cerebro del feto
• Las infecciones del feto durante el embarazo: Estos incluyen la toxoplasmosis, citomegalovirus, sarampión alemán (rubéola) y varicela (varicela)
• La exposición a drogas, alcohol o ciertas sustancias químicas tóxicas en el útero. Cualquiera de estas ponga al bebé en riesgo de anormalidades cerebrales
• La malnutrición grave: No obtener la nutrición adecuada durante el embarazo puede afectar el desarrollo del bebé
• Fenilcetonuria no controlada, también conocida como PKU, en la madre. PKU es un defecto congénito que impide la capacidad del cuerpo para descomponer el aminoácido fenilalanina