Aunque la causa exacta de la costra láctea no se sabe, uno de los factores que contribuyen a su aparición o su evolución pueden ser las hormonas que pasan de la madre al bebé antes de nacer. 

Estas hormonas causan una producción anormal de aceite (sebo) en las glándulas sebáceas y los folículos pilosos.

Otro factor puede ser una levadura (hongo) llamada Malassezia que crece en el sebo junto con las bacterias. Los tratamientos antimicóticos como el ketoconazol, suelen ser eficaces, apoyando la idea de que la levadura es un factor que contribuye.

Lo que sí se sabe es que la costra láctea no es causada por la falta de higiene o alergias. No es contagiosa, y probablemente no produce molestias en el bebé, aunque si se pone grave que puede picar.