Existen numerosas condiciones que causan hidronefrosis. A veces el diagnóstico es relativamente fácil. Por ejemplo, cuando un paciente tiene síntomas y signos de dolor en el flanco retorciéndose y sangre en la orina, y él o ella tiene antecedentes familiares de cálculos renales, puede ser el diagnóstico clínico de cólico renal por un cálculo renal en cuenta, pero todavía tiene que ser confirmado.

A veces el diagnóstico es difícil y se encuentra en la evaluación de un paciente que se queja de debilidad y se encuentra que la patología es la insuficiencia renal. El diagnóstico comienza con la toma de una historia de los signos y síntomas que experimenta el paciente. 

El profesional médico puede hacer preguntas directas. Se va a realizar un historial médico al paciente  y la historia familiar puede ser útil.

Dependiendo de la situación y si no hay comienzo agudo de síntomas, el examen físico puede revelar sensibilidad en el flanco o cuando los riñones están situados. La vejiga se puede encontrar que se distiende el abdomen cuando se examina. 

Por lo general, en los hombres, un examen rectal se realiza para evaluar el tamaño de la próstata. En las mujeres un examen pélvico se puede realizar para evaluar el útero y los ovarios.