Existen numerosas causas de hidronefrosis que se clasifican según la ubicación de la inflamación y si la causa es intrínseca (que se encuentra dentro del sistema colector urinario), extrínsecos (fuera del sistema de gestión colectiva) o si se debe a una alteración en la función.

Las causas intrínsecas:

• Cálculo renal: Probablemente la razón más común que la hidronefrosis unilateral es un cálculo renal que causa la obstrucción del uréter. La piedra se mueve gradualmente desde el riñón hasta la vejiga, pero si debe actuar como un dique, mientras que en el uréter, la orina una copia de seguridad y hacer que los riñones se hinchen. Esto sería clasificado como una obstrucción intrínseca
• Coágulo de sangre
• Estenosis o cicatrización
• Cáncer de vejiga
• Cálculos en la vejiga
• Cistocele
• Contractura del cuello vesical

Las causas principales por las que se puede producir la enfermedad en la vejiga son:

• La vejiga neurogénica o la incapacidad de la vejiga para que funcione correctamente se produce debido a daños en los nervios que te los dan. Esto puede ocurrir en los tumores de cerebro, lesiones de la médula espinal o tumores, la esclerosis múltiple y la diabetes entre otras causas
• El reflujo vesico ureteral donde la orina fluye de regreso desde la vejiga hacia el uréter. Hidronefrosis prenatal es un ejemplo, aunque puede ocurrir en cualquier momento en la vida