Los tratamientos para las fístulas varían dependiendo de su localización y la severidad de los síntomas. Los tratamientos farmacológicos incluyen un antibiótico llamado Flagyl, un inmuno supresor, el más utilizado hasta la fecha, sobre todo en reino unido y estados unidos es el 6-MP. Se utiliza también otro fármaco que inhibe la función de algunas hormonas aliviando el malestar. Se denomina remicade.

A los pacientes que padecen las fistulas enterocutáneas o enterovesiculares se les receta como primera medida una dieta de control por vía enteral, de esta manera las funciones que tiene disminuidas se pueden recuperar de la malformación con el uso de los medicamentos antes mencionados.

En el caso de fístulas Enterovaginales, la dieta enteral es similar a los casos anteriores pero en este caso se administra con una sonda nasogástrica. Estas fórmulas de nutrición líquida sustituyen los alimentos sólidos y contienen nutrientes vitales. Sin alimentos sólidos hay menos materia fecal que pasa a través del ano, lo que ayuda a curar la fístula.

Las fístulas que no responden a ninguno de los tratamientos anteriores pueden requerir cirugía. Si la fístula se encuentra en una parte sana del intestino, puede ser modificado sin extirpar ninguna parte del intestino. Si la fístula se encuentra en una parte muy enferma del intestino, se realiza una resección.

Las heces se desvían a través de la ileostomía, dando a la parte del intestino con el tiempo para sanar fístulas. Este tipo de cirugía se realiza con mayor frecuencia en o enterovesicular fístulas recto-vaginal.