Debido a que existen multitud de posibilidades y tipos de fístulas el diagnóstico de una fístula va a variar. Dependiendo del lugar en el que las encontremos, las fístulas van a tener un diagnóstico más o menos complejo.

En general se somete al paciente a una serie de cuestionarios, sobre hábitos alimentarios, cuestionarios sobre intervenciones quirúrgicas, historial médico hábitos de vida.

Se somete al paciente a pruebas como el enema de bario, en el cual se introduce una sustancia con grandes cantidades de bario y posteriormente se realiza una radiografía del paciente, viendo los lugares por los cuales está pasando la sustancia.

Es usual también la colonoscopia, para localizar de manera visual la ubicación exacta de la fístula. Se somete al paciente también a otras pruebas como la endoscopia digestiva o la sigmoidoscopía entre otras.

Una prueba similar al enema de bario es la adición de un colorante a las pruebas de fistulografía, de manera que cuando se somete al paciente a rayos X se ve claramente el lugar en el que se encuentra la fístula. El colorante ayuda a que la fístula se vean mejor en las radiografías. 

Con una fístula en la parte externa del cuerpo, el tinte se pone en la apertura con un pequeño tubo. Los rayos X se tomarán desde diversos ángulos, por lo que un paciente puede tener que cambiar de posición en la mesa de rayos-X. Al igual que con cualquier otro tipo de rayos X.