Dentro de las fístulas podemos realizar varias clasificaciones, una clasificación en la que se atienda a la causa de la fístulas (ver causas) y una segunda clasificación en la cual se atienda a las características propias de los tipos de fistulas. 

La clasificación que atiende a las características propias de las fístulas es:

• Fístulas abiertas por un solo camino pero que mantienen la entidad de fístula conectando 2 estructuras. Son las llamadas fístulas ciegas
• Fistulas con más de una abertura, poseen aberturas tanto externas como internas, se denominan fístulas completas
• Aquellas que conectan el ano con el exterior de la piel una vez superado el recto debido a su recorrido son las denominadas fístulas en herradura
• Existe un último tipo de fístula, es aquella fístula que no va a ningún lugar, es una abertura en la piel y conecta esa abertura con ninguna estructura interna, son las denominadas fístulas incompletas

Pueden darse de manera común en las zonas cercanas a genitales y recto, recibiendo nombres más específicos de las zonas a las que afectan. Aquellas fístulas que comunican con la vagina son fístulas enterovaginales.

Aquellas que conectan con el intestino grueso son las llamadas enterocolíticas, las que conectan con la vejiga que provocan infecciones renales son las enterovesiculares y por último aquellas que unen el intestino a la piel son denominadas enterocutaneas.