La galactosemia lleva asociados  una serie de signos y síntomas que se inician pocos días después del nacimiento. El bebé comienza a negarse a consumir la leche materna o la leche artificial que le dan en el hospital. Se producen vómitos y regurgitación, signos de desnutrición y mal nutrición, problemas en el desarrollo, deficiencias en la correcta evolución…

Se debe sospechar que el paciente padece de galactosemia clásica cuando se presenta de manera sostenida en el tiempo algunos de los signos antes mencionados. Las altas proporciones de galactosa en la orina suelen estar elevados, pero pueden ser normales en presencia de vómitos, escasa ingesta o con alimentación con suero.

Los niveles de galactosa y de los subproductos de su metabolismo estarán presentes y muy elevados en el plasma sanguíneo normal así como en la orina de los pacientes afectados por la enfermedad. De hecho, los subproductos que produce el cuerpo al intentar metabolizar la galactosa son una de las pruebas usadas para la diagnosis de la patología. Siendo la excreción urinaria de galactitol un buen indicador de la evolución de la enfermedad.

El fallo ovárico prematuro, que se observa en un 30-60% de los pacientes está asociado a una actividad prácticamente nula de la enzima implicada, y ni la detección precoz de la galactosemia, ni su tratamiento, previenen esta complicación.

Se desconocen los mecanismos por los cuales la galactosemia ocasiona una disfunción ovárica, aunque algunos estudios sugieren que se trata de efectos locales y no se debe a la dieta ni a la exposición a la galactosa después del nacimiento.