La mayoría de los niños que contraen la amebiasis tienen síntomas mínimos o nulos. Cuando los niños enferman, sufren dolor abdominal que comienza poco a poco, junto con frecuentes deposiciones sueltas o acuosas, calambres, náuseas, y pérdida de apetito. En algunos casos, fiebre y posiblemente, deposiciones con sangre.

Para algunas personas, los síntomas de amebiasis pueden comenzar en cuestión de días o semanas de ingerir alimentos o agua contaminados por las amebas. Para otras personas, los síntomas de la amebiasis pueden tardar meses en aparecer o no aparecer en absoluto.

En promedio, aproximadamente uno de cada 10 personas que están infectadas con E. histolytica enferma de amebiasis por la infección. Los síntomas generalmente son leves y pueden incluir diarrea, dolor de estómago  y calambres estomacales.  

La disentería amebiana es una forma grave de amebiasis asociados con el dolor de estómago, deposiciones con sangre y fiebre. En raras ocasiones, E. Histolytica invade el hígado y forma un absceso. Aunque con menos frecuencia, se propaga a otras partes del cuerpo, como los pulmones o el cerebro. En casos raros, puede ser fatal.