La principal causas de la giardiasis es un parásito denominado Giardia. Estos parásitos viven en los intestinos de las personas y animales. Antes de comenzar la diseminación del parásito por las heces, el paciente va a pasar varias fases. Los parásitos microscópicos se introducen en unos depósitos duros denominados quistes, esto les permite sobrevivir fuera del intestino meses.

Contaminan el agua y el enfermo los consume. Una vez dentro del huésped, los quistes se disuelven y los parásitos son liberados. La infección se produce cuando se ingieren accidentalmente los parásitos. Esto puede ocurrir por tragar agua contaminada, al comer alimentos contaminados, o por contacto de persona a persona.

La ingestión de agua contaminada. Es la forma más común de infectarse con guardia, por la ingestión de agua contaminada. Los parásitos de Giardia se encuentran en lagos, lagunas, ríos y arroyos en todo el mundo, así como en los suministros municipales de agua, pozos, cisternas, piscinas, parques acuáticos y balnearios. 

Aguas superficiales y subterráneas pueden contaminarse a partir de la escorrentía agrícola, descargas de aguas residuales o heces de animales. Los niños que usan pañales y las personas con diarrea pueden contaminar accidentalmente piscinas y spas.

Comer alimentos contaminados. Los parásitos de Giardia pueden transmitirse a través de los alimentos, ya sea porque los manipuladores de alimentos con giardiasis no se lavan las manos o porque los productos en bruto son de regadío o lavarse con agua contaminada. Debido a la cocción de alimentos mata Giardia, la comida es una fuente menos común de infección es que el agua, especialmente en los países industrializados.

De persona a persona de contacto. El paciente puede contraer la giardiasis con las manos se contaminan con materia fecal, los padres de cambiar los pañales de los niños están especialmente en riesgo. También lo son los trabajadores de cuidado infantil y los niños en centros de cuidado infantil, donde los brotes son cada vez más común. El parásito Giardia también se puede propagar a través del sexo anal.