El tratamiento  de  las  enfermedades inflamatorias intestinales, dado que se desconocen sus causas últimas, tiene que limitarse a procurar una reducción en la anómala y autodestructiva respuesta inflamatoria de estos pacientes que es la responsable de sus síntomas, con el fin de conseguir la mejor calidad de vida posible.

En términos generales, este tratamiento exige una planificación multidisciplinaria por un equipo especializado en el que se integran tanto médicos como cirujanos.

En el  tratamiento médico se vienen utilizando fármacos antiinflamatorios que se administran por vía oral o en forma de enemas aminosalicilatos  (sulfasalazina, mesalamina,  etc.), corticoesteroides y, en casos más graves, se han utilizado fármacos que suprimen o limitan la respuesta inmunitaria del organismo (azatioprina,  metotrexate, ciclosporina, etc.).

También se utilizan antibióticos como el metronidazol y  elciprofloxacin, cuando se ha desarrollado fístulas y abscesos.

El tratamiento  farmacológico, cuyo objetivo es controlar la  desbordada respuesta inflamatoria a nivel del tubo digestivo causada por un mecanismo probablemente  autoinmunitario, procura dirigirse en las  más recientes investigaciones hacia objetivos cada vez más selectivos: el infliximab contra el denominado factor de la necrosis tumoral (TNF) responsable  de la agudización de la reacción inflamatoria.

Muy recientemente el  natalizumab, un  anticuerpomonoclonal (anticuerpo producido artificialmente a partir de un clon celular y, en consecuencia, construido con un único tipo de inmunoglobulina) humanizado que  bloquea el receptor  de  las células inflamatorias que activa a estas células y estimula que pasen de la sangre a los tejidos, cuando se acopla con una sustancia llamada alfa-4-integrina, de la familia de las glicoproteínas.

El tratamiento quirúrgico puede ser necesario en los casos más resistentes al tratamiento médico,  sobre  todo  cuando la  enfermedad inflamatoria intestinal provoca problemas mecánicos (obstrucción intestinal o fístulas internas o externas en la enfermedad de Crohn) o cuando se localiza estrictamente en un segmento del tubo digestivo (como sucede en la colitis ulcerosa).

En la colitis ulcerosa las nuevas técnicas quirúrgicas permiten que, tras extirpar el colon y el recto, se reconstruya la continuidad  del tubo digestivo con una unión (anastomosis)  entre el intestino delgado (íleon) y el ano.