Los signos y síntomas que produce la enfermedad de Bowen en los pacientes afectados, varían según el origen de la enfermedad, así, no es lo mismo que sea la enfermedad clásica que el HPV-16 o la papulosis bowenoide.

Por lo general, la enfermedad de Bowen se presenta como manchas enrojecidas. A veces, estas se plantean puntos, o pueden verse como verrugas. A menudo la piel afectada se ve como con pequeñas y leves ronchas como si de la marca del viento se tratara, pero con enrojecimiento de la piel y dolor.

La papulosis bowenoide por lo general se produce en la zona púbica o genital en los hombres y mujeres. Esto aparece como manchas de color café o marrón oscuro. Cuando Bowen se encuentra en la zona vulvar (entre las piernas de una mujer) o en la boca, puede haber manchas blancas en la piel llamada leucoplasia.

Un síntoma común de Bowen es la picazón. Pero a menudo no hay síntomas, aparte de un parche en la piel. En algunos casos, la piel afectada puede doler y sangrar.