El quiste de la glándula de Bartolino se produce cuando el conducto se bloquea por alguna razón, como una infección, una lesión o una inflamación crónica. En muy raras ocasiones un quiste es causado por cáncer, que generalmente ocurre sólo en mujeres mayores de 40 años. En muchos casos se desconoce la causa del quiste.