El intestino humano alberga varios cientos de especies bacterianas y un numero más pequeño de virus, hongos y protozoos. El intestino delgado del ser humano solo esta exento de gérmenes durante el periodo fetal. La colonización bacteriana del recién nacido comienza durante el parto. La microflora intestinal materna es la fuente natural de las bacterias que colonizan al recién nacido.

Durante la cesárea esta trasferencia esta ausente por completo, lo que produce un retraso (en especial de las anaerobias) en el establecimiento de las bacterias en el intestino. En los países en vías de desarrollo en los que los lactantes están expuestos a numerosas bacterias desde el nacimiento, produce la adquisición temprana de anaerobios facultativos así como de aeróbicos, en estas condiciones la flora adquirida en forma temprana es inestable e incluye una amplia variedad de patógenos potenciales. El problema puede ser opuesto en los países altamente industrializado. La higiene estricta puede retardar el establecimiento de una microflora funcionalmente activa que posea capacidad protectora. 

El niño alimentado exclusivamente con leche materna, desarrolla una flora ácidogénica compuesta principalmente por lactobacilos y bifidobacterias. La elevada concentración de lactosa en la leche materna y otras sustancias como aminoazúcares y oligosacáridos que contienen n-acetilglucosamina, serían los que facilitan el desarrollo de estas bacterias. Al iniciarse la alimentación complementaria cambia el patrón bacteriano del tubo digestivo, predominando los gérmenes anaerobios como Escherichia Coli, Bacteroides y Clostridiun. La nueva flora que se establece en esta edad, será la que persista por el resto de la vida.