Su causa es desconocida aunque se considera que pueda estar relacionado con una reacción inmunológica frente a las bacterias comunes de la flora bucal, falta de vitaminas, estrés, cambios hormonales y alergias alimentarias. También existe cierta predisposición genética.

En el caso de las aftas de origen traumático suelen derivarse de una herida en la mucosa bucal causada por el cepillo de dientes, prótesis dentales, mordeduras en la pared de la boca o la lengua, la ingestión de alimentos o bebidas muy calientes.