La agranulocitosis puede ser causada por:

• Trastornos congénitos caracterizados por una pobre función de la médula ósea
• Cáncer u otras enfermedades que dañan la médula ósea
• Infecciones virales que alteran la función de la médula ósea
• Trastornos autoinmunes que destruyen los neutrófilos o células de la médula ósea
• Infecciones abrumadoras que utilizan neutrófilos más rápido de lo que se pueden producir
• Medicamentos que destruyen neutrófilos o dañan la médula ósea 

Las posibles causas de la agranulocitosis son:

• Alcoholismo
• Anemia aplásica
• Trasplante de médula ósea
• Quimioterapia
• Agranulocitosis idiopática crónica en adultos
• Medicamentos, como antibióticos y diuréticos
• Hepatitis A, B y C
• Histoplasmosis
• VIH/SIDA
• Hiperesplenismo: Una destrucción prematura de las células de la sangre por el bazo
• Síndrome de Kostmann: Un trastorno congénito que involucra una baja producción de neutrófilos
• Leucemia
• Lupus
• Malaria
• Mononucleosis
• Síndromes mielodisplásicos
• Mielofibrosis
• Myelokathexis: Un trastorno congénito que tiene que ver con en la imposibilidad de los neutrófilos de entrar en el torrente sanguíneo
• Otros trastornos autoinmunes
• Otros trastornos congénitos
• Otras enfermedades infecciosas
• Otras enfermedades parasitarias
• Radioterapia
• Artritis reumatoide
• Sepsis
• Síndrome de Sjogren
• Tuberculosis
• Deficiencias de vitaminas