La amenorrea primaria producida por una enfermedad congénita no se puede prevenir.

Las mujeres deben mantener una dieta sana, hacer mucho ejercicio, descansar y no sufrir demasiado estrés, evitar el tabaco y el abuso de sustancias. Las mujeres atletas deben asegurarse de llevar una dieta equilibrada, descansar y realizar ejercicios con normalidad.

Sin embargo, muchos casos de amenorrea no se pueden prevenir.