La amenorrea prolongada puede provocar infertilidad y otros problemas médicos como la osteoporosis. Si la interrupción se produce por estrés o por una enfermedad, los períodos deberían comenzar de nuevo una vez pase la tensión o se trate la enfermedad. La amenorrea producida por suspender las pastillas anticonceptivas por lo general desaparece al cabo de 6-8 semanas, aunque puede tardar hasta un año.

El pronóstico para la enfermedad de ovario poliquístico depende de la gravedad de los síntomas y el plan de tratamiento. La espironolactona, un fármaco que bloquea la producción de hormonas masculinas, puede ayudar a reducir el vello corporal. Si una mujer desea quedarse embarazada, puede necesitar un tratamiento con clomifeno o, en raras ocasiones, cirugía en los ovarios.