La amenorrea secundaria es mucho más común que la amenorrea primaria. Hay muchas posibles causas de amenorrea secundaria:

• Embarazo: El embarazo es la principal causa de amenorrea secundaria en mujeres en edad reproductiva. Cuando un óvulo fertilizado se implanta en el revestimiento del útero, el revestimiento se mantiene para nutrir al feto y no está cubierto por la menstruación
• Anticonceptivos: Algunas mujeres que toman anticonceptivos o píldoras anticonceptivas pueden no tener períodos. Cuando los anticonceptivos orales se detienen, la ovulación y la menstruación regular puede tardar de tres a seis meses en reanudarse. Los anticonceptivos inyectados o implantados también puede causar amenorrea
• Lactancia: Las madres que dan el pecho a menudo pueden experimentar amenorrea. Aunque la ovulación puede ocurrir, la menstruación no. El embarazo puede tener lugar, a pesar de la falta de menstruación
• Estrés: El estrés puede alterar temporalmente el funcionamiento del hipotálamo, un área del cerebro que controla las hormonas que regulan el ciclo menstrual. Como resultado se puede paralizar la ovulación y la menstruación. Por lo general los períodos menstruales regulares se restablecen una vez se disminuye el estrés
• Medicamentos: Algunos medicamentos pueden causar que los períodos menstruales se detengan. Por ejemplo, los medicamentos como antipsicóticos, antidepresivos, medicamentos de quimioterapia y corticosteroides orales pueden causar amenorrea
• Enfermedades: Las enfermedades crónicas pueden retrasar la menstruación, pero no la detienen. Mientras se recupera, la menstruación normalmente vuelve
• Desequilibrio hormonal: Una causa común de la amenorrea o periodos irregulares es el síndrome de ovario poliquístico. Esto hace que los niveles relativamente altos y sostenidos de estrógeno y andrógeno, una hormona masculina, en lugar de la condición fluctuante vista en un ciclo menstrual normal. Esto se traduce en una disminución de las hormonas pituitarias que producen la ovulación y la menstruación. El síndrome de ovario poliquístico se asocia con amenorrea, obesidad y a menudo con sangrado uterino profuso, así como acné y, a veces, exceso de vello facial
• Bajo peso corporal: un peso corporal excesivamente bajo puede ser debido a alguna enfermedad que interrumpe muchas funciones hormonales del organismo, lo que podría detener la ovulación. Las mujeres que tienen un trastorno alimentario, como anorexia o bulimia, a menudo dejan de tener períodos debido a estos cambios hormonales anómalos
• Exceso de ejercicio: Los deportes que requieren un entrenamiento riguroso, como el ballet, carreras de larga distancia o la gimnasia, pueden ser responsable de la interrupción del ciclo menstrual en muchas mujeres. Varios factores, incluidos la grasa corporal, el estrés y el consiguiente gasto de energía contribuyen a la pérdida de los períodos en las atletas
• Trastorno de la tiroides: En muchos casos, una glándula tiroides de baja actividad o una glándula tiroides hiperactiva comúnmente causa irregularidades menstruales, incluyendo la amenorrea. Los trastornos de la tiroides también pueden provocar un aumento o disminución en la producción de prolactina, una hormona reproductiva generada por la glándula pituitaria. Un nivel de prolactina alterado puede afectar el hipotálamo y alterar el ciclo menstrual  
• Menopausia prematura: La menopausia generalmente ocurre a una edad promedio de 51 años. Si usted experimenta la menopausia antes de los 40, se considera prematura. La falta de función ovárica asociada con la menopausia disminuye la cantidad de estrógeno que circula en el organismo, lo que a su vez adelgaza el revestimiento del útero y pone fin al ciclo menstrual. La menopausia prematura puede deberse a factores genéticos o enfermedades autoinmunes, pero a menudo no se encuentra la  causa
• Tumor pituitario: Un tumor benigno en la glándula pituitaria pueden causar un exceso de producción de prolactina. El exceso de prolactina puede interferir con la regulación de la menstruación. Este tipo de tumor se puede tratar con medicamentos, pero a veces requiere cirugía
• Cicatrices uterinas: El síndrome de Asherman, una condición en la que el tejido cicatrizal se acumula en el revestimiento del útero, a veces puede ocurrir después de procedimientos del útero, como la dilatación y curetaje, cesárea o el tratamiento para los fibromas uterinos. La cicatrización uterina impide la acumulación normal y el desprendimiento del revestimiento uterino, lo cual puede resultar en sangrado menstrual muy leve o en la ausencia total de períodos