Habitualmente las faringoamigdalitis víricas no se complican y curan espontáneamente en pocos días. Un tipo especial es la mononucleosis infecciosa, que está causada por el llamado virus de Epstein-Barr, y que se manifiesta por fiebre alta, amígdalas con extensas placas blanquecinas y ganglios cervicales de gran tamaño.

Se acompaña de decaimiento, inapetencia y crecimiento del hígado y del bazo, por lo que conviene tener cierta precaución con el ejercicio y los golpes, al estar más expuestos (ha aparecido algún caso de rotura de bazo). El tratamiento con ciertos antibióticos puede provocar la aparición de una erupción en la piel, parecida al sarampión.

Las faringoamigdalitis estreptocócicas, si no se tratan adecuadamente, los algunos casos pueden producir complicaciones como fiebre reumática y glomerulonefritis aguda, que es una afectación del riñón. No obstante, hoy en día estas complicaciones son muy poco frecuentes en nuestro país.

Un tipo particular de faringoamogdalitis estreptocócica es la escarlatina. En ella, además de las petequias en el paladar (que son muy típicas de esta enfermedad), aparece una erupción que se caracteriza por enrojecimiento facial que respeta la zona naso-labial (aspecto de cara abofeteada) y pequeñas manchas en el tronco, como pequeños puntitos rojos, rasposos al tacto, a veces más palpables que visibles, y que tienden a intensificar su color en los pliegues (axilas, ingles, etc.).