La enfermedad comienza entre 12 horas y 5 días después del contagio. La faringoamigdalitis vírica suele tener un comienzo gradual, con fiebre moderada (generalmente menor de 39° C), dolor de garganta, existencia de pequeños ganglios en el cuello y poca afectación del estado general.

Con frecuencia se acompaña de otros síntomas como mucosidad nasal, tos y enrojecimiento ocular. Al examinar la garganta, se ve un enrojecimiento difuso de la misma y pueden aparecer secreciones purulentas (placas).

Típicamente un niño con amigdalitis tiene dolor de garganta, fiebre, los ganglios linfáticos del cuello inflamados y problemas para respirar.

El cuadro clínico cursa con fiebre alta, dolor al tragar (odinofagia), y aumento de los ganglios del cuello. En la exploración se pueden apreciar las amígdalas aumentadas de tamaño cubiertas por unas placas pultáceas blanco-amarillentas.

La faringoamigdalitis bacteriana (llamada generalmente estreptocócica, por ser ésta la bacteria más frecuente) suele tener un comienzo brusco, con fiebre más elevada que en el caso anterior (generalmente superior a 39° C), aumento de los ganglios del cuello y mayor afectación del estado general. Es habitual que aparezca dolor de cabeza, náuseas, vómitos y dolor abdominal.

Al mirar la garganta, ésta se presenta muy enrojecida, a veces con puntitos rojos, como hemorrágicos (petequias) y es frecuente que las amígdalas estén cubiertas de placas blanquecinas.