Si la atelectasia es producida por una obstrucción de la vía aérea, el primer paso del tratamiento es eliminar la causa de la obstrucción. Esto se puede hacer mediante la tos, la aspiración, o una broncoscopia.

Si la causa es un tumor, puede ser necesaria una cirugía para eliminarla.

Los antibióticos se utilizan para combatir la infección que a menudo acompaña a la atelectasia.

En casos en los que una infección recurrente o de larga duración es incapacitante o cuando se produce un sangrado importante, se puede extirpar quirúrgicamente la sección afectada del pulmón.