Existen evidencias clínicas de interacción entre amoxicilina y los siguientes fármacos:
– Alopurinol: se ha observado un aumento reacciones cutáneas tras el uso concomitante de ampcilina y alopurinol. No se conoce el mecanismo.
– Amilorida: disminución de las concentraciones plasmáticas (27%) de amoxicilina, con posible inhibición de su efecto, por disminución de la absorción oral al afectarse el sistema de transporte de dipéptidos.
– Anticoagulantes orales (acenocumarol): posible potenciación de la acción del anticoagulante, con riesgo de hemorragias, por la alteración de la flora intestinal, que inhibe la formación de vitamina K.
– Anticonceptivos orales: posible inhibición del anticonceptivo con riesgo de embarazo, por la reducción de la flora intestinal causada por los antibióticos, que disminuye la reabsorción de los estrógenos. Durante el tratamiento con amoxicilina/ácido clavulánico y hasta 7 días después conviene tomar precauciones anticonceptivas de tipo no hormonal.
– Digoxina: Es posible un incremento de la absorción de digoxina durante la administración simultánea de amoxicilina/ácido clavulánico. 
– Disulfiram: No se deberá usar amoxicilina/ácido clavulánico junto a disulfiram. 
– Metotrexato: aumento de las concentraciones plasmáticas de metotrexato, con posible potenciación de su acción y/o toxicidad, por disminución de su secreción tubular.
– Naproxeno: posible potenciación de la nefrotoxicidad.
– Nifedipina: posible aumento de los niveles séricos de antibiótico, aunque parece de escasa importancia clínica.
Existen evidencias clínicas de interacción entre otras peniclinas y los siguientes fármacos:
– Cloranfenicol: hay estudios con ampicilina en los que se ha registrado posible antagonismo de sus acciones, por sus diferentes mecanismos de acción, aunque sólo tiene interés clínico en situaciones donde es necesario un rápido efecto bactericida. Otros estudios contradicen la existencia de esta interacción.
– Probenecid: hay estudios con ampicilina, en los que se ha registrado aumento de las concentraciones plasmáticas de antibiótico, por disminución de su secreción tubular.
– Tetraciclinas (clortetraciclina, doxiciclina, oxitetraciclina): hay estudios con bencilpenicilina, en los que se ha registrado posible antagonismo de sus acciones, por sus diferentes mecanismos de acción, aunque sólo tiene interés clínico en situaciones donde es necesario un rápido efecto bactericida. 
– Aminopenicilinas: Las aminopenicilinas pueden reducir los niveles séricos de la sulfasalazina.
Este medicamento puede interferir con las siguientes determinaciones analíticas: 
– Sangre: falso aumento de proteínas, con los métodos que emplean el azul brillante Coomassie y el verde bromocresol. Falso aumento de ácido úrico, con el método del quelato de cobre y positivo en el test de Coombs en el 1-5% de los pacientes.
– Se ha descrito prolongación del tiempo de hemorragia y del tiempo de protrombina. 
– Orina: falso aumento de proteinas con los métodos que emplean el azul brillante de Coomassie y el verde bromocresol. Falso positivo de glucosa con el método basado en la reducción de las sales de cobre.