– COLITIS PSEUDOMEMBRANOSA: Existe riesgo potencial de que se produzca una colitis pseudomembranosa por sobreinfección de clostridia difficile. Es importante considerar esta posibilidad en pacientes que desarrollen diarrea tras el uso de antibióticos. 
– INSUFICIENCIA RENAL: La amoxicilina es eliminada en cantidades importantes con la orina. Por ello, se recomienda ajustar la posología en estos pacientes, de acuerdo al grado de funcionalismo renal (véase posología). 
– INSUFICIENCIA HEPATICA: se aconseja vigilancia clínica en pacientes con insuficiencia hepática previa. Se han observado cambios en las pruebas de función hepática en algunos pacientes tratados con amoxicilina/ácido clavulánico. El significado clínico de estos cambios es incierto. 
Los parámetros de función hepática se comprobarán a intervalos regulares en pacientes con signos de lesiones hepáticas. Se valorará un cambio de tratamiento si las alteraciones de estos parámetros se exacerban durante el tratamiento. 
– HEPATOTOXICIDAD, ICTERICIA COLESTATICA: En raras ocasiones se ha descrito hepatotoxicidad aguda, que, aunque de patrón variable, mayoritariamente se manifiesta como lesiones colestáticas y mixtas que parecen relacionadas con una edad avanzada. Los signos y síntomas pueden aparecer durante el tratamiento o hasta varias semanas después de que éste haya finalizado. El mecanismo fisopatológico se desconoce, aunque es frecuente la presencia de signos concomitantes de hipersensibilidad. No se ha demostrado que la monitorización hepática sirva para prevenir o detectar precozmente la lesión hepática. La incidencia en el adulto es de 1/10000 tratados. La frecuencia pudría ser menor en menores de 16 años, aunque se carece de información al respecto. La edad superior a 60 años y la duración del tratamiento parecen factores de riesgo, aunque pueden presentarse en cualquier tipo de paciente. 
– ALERGIA, ASMA: se usarán con precaución en pacientes con alergias o asma grave, ya que las reacciones alérgicas son más probables en este tipo de pacientes. 
– SOBREINFECCION: Con el uso a largo plazo o en pacientes inmunocomprometidos, y al igual que con los demás antibióticos de amplio espectro, es posible la aparición de superinfecciones con bacterias o levaduras resistentes.