Los efectos adversos de este medicamento son, en general transitorios y leves. En la mayor parte de los casos los efectos adversos son una prolongación de acción farmacológica (efecto sobre la flora intestinal) o de origen alérgico y afectan mayoritariamente al sistema digestivo y piel.
El perfil toxicológico de este fármaco es similar al del resto de las aminopenicilinas, aunque la incidencia de diarrea y erupciones exantemáticas es mayor. Los efectos secundarios que se manifiestan más frecuentemente son: 
– Digestivas: DIARREA (5-10%), heces blandas. NAUSEAS y/o VOMITOS(1-5%), ANOREXIA, FLATULENCIA, enantemas (en particular, en la boca),TRASTORNOS DEL GUSTO, SEQUEDAD DE BOCA. Muy rara vez, lengua negra.
Estos efectos son leves y frecuentemente pero desaparecen durante el tratamiento o después de terminar el tratamiento. 
Excepcionalmente: COLITIS PSEUDOMEMBRANOSA: Si se presenta una diarrea grave o persistente, se valorará la posibilidad de una colitis pseudomembranosa.
– Reacciones de hipersensibilidad: Frecuentes(>1%<10%):, comoURTICARIA, el exantema morbiliforme típico se presenta 5-11 días después del inicio del tratamiento. La aparición inmediata de urticaria indica una reacción alérgica a la amoxicilina y se deberá interrumpir el tratamiento.

Poco frecuentes (>0,01%<0,1%):  , (edema de Quincke), ERITEMA MULTIFORME,, SINDROME DE STEVENS-JOHNSON, EOSINOFILIA, fiebre por fármacos. ANEMIA HEMOLITICA, VASCULITIS alérgica,NEFRITIS INTERSTICIAL, ANAFILAXIA.

– Sanguíneos: Es poco frecuente la presencia LEUCOPENIA,TROMBOPENIA, PURPURA, GRANULOCITOPENIA, PANCITOPENIA,ANEMIA (que puede ser hemolítica), mielosupresión, AGRANULOCITOSIS, prolongación del tiempo de hemorragia y prolongación del tiempo de protrombina. 
En formas parenterales, ocasionalmente, DOLOR EN EL PUNTO DE INYECCION, FLEBITIS, TROMBOFLEBITIS. 
– Efectos hepáticos: ocasionalmente se produce un aumento moderado de las concentraciones de enzimas hepáticas. Al igual que con otras penicilinas y varias cefalosporinas, en casos raros se ha observadoHEPATITIS transitoria e ICTERICIA COLESTATICA. Los síntomas/signos de una alteración de la función hepática pueden aparecer durante o poco después del tratamiento con amoxicilina/ácido clavulánico, pero en algunos casos puede no observarse hasta varias semanas después de la interrupción del tratamiento. Estas reacciones hepáticas se han comunicado de forma más frecuente en ancianos y en varones, particularmente en los mayores de 65 años. Raramente se ha descrito este tipo de reacciones en niños. El riesgo de aparición de reacciones hepáticas se incrementa con una duración del tratamiento superior a 14 días. Los efectos hepáticos son usualmente reversibles pero pueden ser graves y, muy raramente, se han comunicado muertes. 
– Sistema nervioso: se han descrito raramente HIPERCINESIA, MAREO,CEFALEA, CONVULSIONES. Las convulsiones se pueden presentar en pacientes con trastornos renales o en los casos tratados con dosis altas. 
– Genitourinarios: Se puede producir picor, dolor y SECRECION VAGINAL EXCESIVA. 
– El uso prolongado y repetido de los preparados puede provocar superinfecciones y colonización con organismos resistentes o levaduras, como CANDIDIASIS GENITAL, CANDIDIASIS ORAL. 
El tratamiento debe ser suspendido inmediatamente, en el caso de que el paciente experimente algún episodio de diarrea intensa, acompañada de náuseas, vómitos, calambres abdominales y/o fiebre (riesgo de colitis pseudomembranosa). También deberá suspenderse el tratamiento en caso de reacción anafiláctica, erupciones exantemáticas extensas.