El tratamiento de esta condición depende del tamaño del quiste, si es doloroso y si está infectado.

Si el quiste no está infectado, las opciones de tratamiento son:

• Vigilancia por parte de la paciente y del médico
• Remojar el área genital con una compresa empapada en agua templada
• Remojar el área genital en un baño de asiento
• Medicamentos para el dolor para aliviar las molestias leves

Si la glándula de Bartolino está infectada, hay varios tratamientos para tratar el absceso, como:

• Remojar el área genital en un baño de asiento
• Tratamiento con antibióticos
• Analgésicos con o sin receta
• Incisión y drenaje, es decir, realizar una incisión en el quiste y drenar el líquido (no suele tener éxito, el quiste vuelve a aparecer con frecuencia)
• Colocación de un drenaje en el quiste de dos a cuatro semanas para que el líquido pueda drenar y evitar la recurrencia
• Marsupialización quirúrgica (procedimiento para el drenaje del quiste)
• Utilización de un láser de dióxido de carbono para abrir el quiste y calentar el tejido de la pared del quiste para que el quiste no pueda formar una bolsa y volver a aparecer
• Incisión y drenaje seguidos de un tratamiento con nitrato de plata para quemar la pared del quiste para que no se puede formar una bolsa y volver a aparecer
• Eliminación total del quiste de la glándula de Bartolino si el quiste se ha repetido varias veces después de utilizar otros métodos de tratamiento

Durante el tratamiento quirúrgico, el área se adormece con un anestésico local para disminuir el dolor. También se puede utilizar anestesia general ya que el procedimiento puede ser doloroso.

En una mujer embarazada, el tratamiento quirúrgico de quistes asintomáticos debe retrasarse hasta después del parto para evitar la posibilidad de un sangrado excesivo. Sin embargo, si la glándula de Bartolino está infectada y debe ser drenada, generalmente se consideran segura la administración de antibióticos y de anestesia local.

Si el quiste es causado por cáncer, la glándula debe ser extirpada y la mujer debe someterse al cuidado de un ginecólogo familiarizado con el tratamiento de este tipo de cáncer.