No existen vacunas contra el botulismo. La seguridad alimentaria es el método más seguro para prevenir el botulismo. La toxina botulínica no puede ser vista, olida o probada, por lo que lo más prudente es descartar cualquier alimento sospechoso sin probarlo.

Si alguna parte de una lata de comida en conserva está oxidada o abultada, no se debe usar. El botulismo infantil es difícil de prevenir, ya que el control de lo que sucede en la boca de un bebé está más allá de todo control, especialmente en lo que se refiere a las esporas en el aire. Una medida preventiva concreta consiste en no dar nunca miel a bebés menores de 1 año, ya que es una fuente conocida de esporas de botulismo.