El tratamiento debe enfocarse a la resolución de cualquier trastorno subyacente. Las infecciones requieren antibióticos y la obstrucción puede requerir la extirpación de un objeto extraño o de un tumor. Existen medicamentos para ayudar a aclarar el esputo de modo que se pueda expulsar de forma más eficaz al toser. Golpear rítmicamente el pecho y la espalda del paciente mientras este asume una serie de posiciones (sobre todo cabeza abajo), puede ayudar a los pulmones a drenar más eficazmente.

Cuando una zona determinada del pulmón se infecta de forma grave y constante, es posible que se necesite extraerla por medio de cirugía. Cuando se produce una hemorragia por la irritación de los bronquios y por vasos sanguíneos bronquiales demasiado grandes puede ser necesario realizar una cirugía  bien sea para eliminar una zona del tubo bronquial o para inyectar el vaso sanguíneo sangrante con un material que detenga el sangrado.

En algunos pacientes, la bronquiectasia con el tiempo desemboca en constantes niveles bajos de oxígeno en sangre, a pesar del tratamiento. Estos pacientes suelen tener un aumento asociado del tamaño de la parte derecha de su corazón, junto con una disminución de la capacidad del corazón para bombear sangre a través de los pulmones. Algunos pacientes con síntomas y discapacidad muy graves han tenido que someterse a un trasplante de pulmón.