A menudo la apariencia clínica y la exploración visual suele ser suficiente para realizar el diagnóstico. Por lo general se extrae una muestra de la secreción vaginal o frotis de una zona de la lesión oral o de la piel y luego se examina este material bajo el microscopio, donde es posible ver las formas características de los hongos en las distintas etapas del ciclo de vida.

En pacientes con sospecha de candidiasis de órganos profundos se deben tomar muestras de sangre fúngica y de cultivos de heces. Puede ser necesario realizar una biopsia para un diagnóstico definitivo.