El tratamiento de la candidiasis consiste principalmente en la administración de fármacos antimicóticos. La candidiasis oral se trata con pastillas con receta o enjuagues bucales. Algunas de las recetas más utilizadas son los enjuagues bucales de nistatina  y las pastillas de clotrimazol. Las infecciones de la piel pueden ser tratadas con cremas tópicas antifúngicas. Las lesiones de piel muy inflamada también se pueden tratar con cremas con corticoides.

Para los bebés con candidiasis oral deben esterilizarse o descartarse los chupetes. Las tetinas de los biberones deben ser desechadas y utilizarse nuevas cuando la boca del bebé comience a sanar.

El riesgo de dermatitis del pañal complicada con candidiasis se puede reducir mediante la prevención de dermatitis irritante utilizando pañales absorbentes y evitando una excesiva exposición a la orina o las heces cambiando frecuente los pañales. No se recomienda el uso de braguitas de plástico que no permiten la circulación del aire sobre el área del pañal. Los niños pueden asistir a la guardería, siempre que los encargados del cuidado de los niños sigan buenas prácticas de higiene, como lavarse las manos a fondo y elimina los materiales que pueden contener las secreciones nasales y orales de los niños infectados, con el fin de evitar la transmisión de la infección a otros niños.

En la mayoría de los casos la candidiasis vaginal puede ser tratada con éxito con una variedad de cremas antimicóticas o supositorios que se venden sin receta. Sin embargo, si las infecciones se repiten a menudo debe consultarse al médico.

El aumento desde principios del 2000 en la candidiasis de órganos profundos ha llevado a la creación de pautas de tratamiento, incluyendo pero no limitándose a las siguientes:

• Deben retirarse los catéteres en niños con candidiasis
• La terapia antifúngica se puede utilizar durante la quimioterapia para prevenir la candidiasis
• Los medicamentos deben ser prescritos en base al historial específico del niño y el estado de las defensas del sistema inmunitario (esto es especialmente crítico para  niños con SIDA). Puede ser necesario administrar fuertes fármacos antimicóticos como el ketoconazol o fluconazol
• La diabetes mellitus debe ser controlada con la medicación adecuada y cambios en la dieta