Si bien la investigación con células madre tiene el potencial de proporcionar importantes avances en medicina, como la cura de muchas enfermedades, es objeto de controversia.

La controversia se basa en la creencia de que un óvulo fertilizado es fundamentalmente un ser humano con derechos e intereses que necesitan ser protegidos. Quienes se oponen a la investigación con células madre no quieren que los fetos y los óvulos fertilizados sean usados ​​con fines de investigación. Sin embargo, un equipo de científicos ha desarrollado con éxito una técnica de generación de células madre de ratón sin destruir el embrión. Esta técnica aún no se ha intentado en tejido embrionario humano. Muchos otros científicos están intentando crear formas más universalmente aceptadas de células madre embrionarias humanas, así como otros tipos de células madre adultas.

Los partidarios de la investigación con células madre argumentan que los óvulos fertilizados son donados con el consentimiento de cada pareja y de todas formas serán descartados. Por lo tanto, no hay ninguna posibilidad de que esos óvulos fertilizados se conviertan en seres humanos.

Como con cualquier asunto moral y ético, la controversia en torno a la investigación con células madre es probable que continúe durante bastante tiempo.