El diagnóstico inicial de cistitis se realiza al observar la clínica propia del proceso descrita más arriba. Para confirmar el diagnóstico se pueden pedir, entre otras, las siguientes pruebas:

• Análisis de orina: determina una serie de parámetros indicativos de patología en las vías urinarias, por ejemplo, el número de leucocitos, densidad, pH, etc.
• Inspección de la vejiga con un cistoscopio, aparato con un tubo delgado provisto de una luz y una cámara que puede ser insertado a través de la uretra hasta la vejiga. El médico también puede utilizar el cistoscopio para extraer una muestra pequeña de tejido y poder de esta manera realizar un diagnóstico más específico, conjuntamente con los análisis del laboratorio. 
• Pruebas de imagen: indicado sólo en casos específicos. La ecografía puede ayudar a descartar otras posibles causas de inflamación de la vejiga, tales como un tumor o una anomalía estructural.