Aunque las infecciones son la causa más frecuente de cistitis, una serie de factores no infecciosos pueden también hacer que la vejiga urinaria se inflame. Por ejemplo:

• Cistitis intersticial: la causa de esta inflamación crónica de la vejiga, proceso también denominado síndrome de la vejiga dolorosa, no está clara. La mayoría de los casos se diagnostican en mujeres. El trastorno puede ser difícil de diagnosticar y tratar.
• Cistitis inducida por medicamentos: algunos medicamentos, especialmente los medicamentos utilizados en quimioterapia como la ciclofosfamida o la ifosfamida, pueden causar inflamación de la vejiga.
• Cistitis por radiación: la radiación de la zona de la pelvis puede producir cambios inflamatorios en el tejido de la vejiga urinaria.
• Cistitis de causa externa: el uso a largo plazo de un catéter o una sonda vesical puede facilitar la aparición de cistitis.
• Cistitis química: algunas personas pueden ser hipersensibles a las sustancias químicas contenidas en ciertos productos, tales como el baño con burbujas, los aerosoles de higiene femenina o las gelatinas espermicidas, pudiendo desencadenar una reacción alérgica en la vejiga, que cursa con inflamación de la misma.
• Cistitis asociada a otras patologías: la cistitis a veces se puede presentar como una complicación de otras enfermedades, como cánceres ginecológicos, enfermedades inflamatorias pélvicas, endometriosis, la enfermedad de Crohn, diverticulitis, el lupus y la tuberculosis.