Las causas de la clamidia pueden ser diversas aunque todas ellas están relacionadas con la misma bacteria, causante de la enfermedad.

La bacteria Chlamydia trachomatis causa la clamidia. La condición que más comúnmente se propaga a través de relaciones sexuales y otro tipo de contacto íntimo entre los genitales y el área rectal. 

También es posible que una madre transmita la clamidia a su hijo durante el parto, causando neumonía o una infección ocular grave.

Para aclarar, la bacteria Chlamydia trachomatis que causa la infección genital por clamidia es diferente de la de nombre similar bacteria Chlamydophila pneumoniae en el aire que causa infecciones respiratorias, como neumonía.

Una variedad de la bacteria Chlamydia trachomatis es también la causa de otra enfermedad de transmisión sexual llamada linfogranuloma venéreo. Los signos iniciales del linfogranuloma incluyen llagas en los genitales, seguido más tarde por fiebre e inflamación de los ganglios linfáticos en el área de la ingle. 

La mayor prevalencia de linfogranuloma se encuentra en África, el sudeste de Asia, América Central y del Sur y el Caribe. La enfermedad se ha incrementado recientemente entre los hombres homosexuales y bisexuales en Europa.