Los dos factores necesarios para que se produzca una colangitis son los siguientes:

• Obstrucción al flujo de la bilis
• Presencia de bacterias dentro de los conductos biliares

La causa más común de la colangitis es la infección de los conductos biliares debido a la obstrucción por un cálculo biliar. La estenosis (conductos que se estrechan) también funciona de la misma manera. Puede ser congénita (de nacimiento), por anomalías de los conductos biliares, como resultado de una lesión del conducto biliar (una cirugía, un trauma) o como resultado de una inflamación que produce cicatrices y estrechamiento.

La bacteria más comúnmente asociada con la infección de los conductos biliares es la Escherichia coli (E. coli), que habita normalmente en el intestino. En algunos casos está involucrado más de un tipo de bacterias. Los pacientes con SIDA pueden desarrollar una infección de los conductos biliares reducidos por organismos inusuales como Cryptosporidium y otros.