Colangitis es un término que significa inflamación de los conductos biliares. El término se aplica a la inflamación de cualquier parte de los conductos biliares que transportan la bilis desde el hígado hasta la vesícula biliar y el intestino. La inflamación la produce una infección bacteriana o a veces por otras causas.

La bilis, necesaria para la digestión, se produce en el hígado y luego entra en el conducto biliar común a través de los conductos hepáticos. La bilis entra en la vesícula entre las comidas, cuando el músculo o el esfínter que controla el flujo de bilis entre el conducto biliar común y el intestino está cerrado. Durante este período, la bilis se acumula en el conducto biliar común y se eleva la presión.  El aumento de la presión hace que la bilis fluya a la vesícula biliar. Durante las comidas, la vesícula se contrae y el esfínter entre la vesícula biliar y el intestino se relaja, permitiendo el flujo de la bilis en el intestino y que tome parte en la digestión.

La bilis que acaba de ser producida por el hígado es estéril (libre de bacterias). Esto se debe en parte a sus propiedades antibacterianas, producidas por las inmunoglobulinas (anticuerpos) secretada en la bilis, los ácidos biliares que inhiben el crecimiento bacteriano y el moco.

Un pequeño número de bacterias pueden estar presentes en los conductos biliares y la vesícula biliar, llegan moviéndose hacia atrás desde el intestino, que a diferencia de los conductos biliares contiene un gran número de bacterias. El flujo normal de la bilis en los conductos y en el intestino también ayuda a evitar que muchos organismos se multipliquen. Las bacterias también llegan a los conductos de la bilis desde el tejido linfático o del flujo sanguíneo.

Cuando se bloquea el paso de la bilis a los conductos, las pocas bacterias que hay se reproducen rápidamente. Un bloqueo parcial del flujo de la bilis puede ocurrir cuando una piedra de la vesícula biliar bloquea el conducto y también permite que las bacterias vuelvan a fluir en el conducto biliar común y creen las condiciones ideales para su crecimiento. Los tumores, por el contrario, causan un bloqueo más completo del flujo biliar, tanto dentro como fuera, por lo que se producen menos infecciones. Los organismos que se reproducen son capaces de entrar en el torrente sanguíneo e infectar múltiples órganos como el hígado y las válvulas del corazón.

Otra fuente de la inflamación de los conductos biliares la producen enfermedades que alteran el sistema inmune. En estas enfermedades, el cuerpo deja de reconocer ciertas células como parte de su composición normal. El cuerpo piensa que estas células son extrañas y produce anticuerpos para luchar contra ellas, al igual que lucha contra las bacterias y los virus. La colangitis esclerosante primaria es un ejemplo típico enfermedad autoinmune que involucra los conductos biliares.