La prevención implica la eliminación de los factores que aumentan el riesgo de infección de los conductos biliares, principalmente piedras y estenosis. Si es médicamente posible, los pacientes que tienen su vesícula biliar y sufren un episodio de colangitis deben someterse a la extirpación quirúrgica de la vesícula biliar y la eliminación de cualquier piedra.

Para otros pacientes, hay varias terapias, incluyendo la disolución pequeñas piedras con ácidos biliares. En algunos pacientes es necesaria una combinación de varios de estos métodos.