La medicación utilizada en el tratamiento de la depresión es variada, existiendo diferentes familias de fármacos de diferentes generaciones -medicamentos antidepresivos más antiguos, medicamentos modernos y medicamentos antidepresivos de última generación-. Estos medicamentos, como todos los medicamentos en general, pueden producir efectos secundarios, normalmente los medicamentos de generaciones más modernas tienen menos efectos secundarios que los más antiguos, debido al diseño químico y a los estudios e investigaciones de que han sido objeto.

Además, el número y la intensidad de los episodios depresivos de un sujeto son significativos de cara a la evolución de la depresión en dicho sujeto, asi, por ejemplo, si una persona sufre un episodio depresivo grave tiene una probabilidad de padecer un segundo episodio del 50%. Si la persona sufre dos episodios de depresión mayor, la posibilidad de un tercer episodio es del 75% -80%. Si la persona sufre tres episodios, la probabilidad de un cuarto episodio es del 90% -95%. 

Para el tratamiento de la depresión, los medicamentos son una de las opciones más utilizadas en la actualidad. Los inhibidores selectivos de la recaptación de serotonina (ISRS) son medicamentos que aumentan la cantidad de serotonina (neurotransmisor cerebral) en el cerebro.

La serotonina es una de las sustancias químicas (neurotransmisores) que actúa en el cerebro llevando mensajes a través de las conexiones de una neurona a otra (sinapsis). Además interviene en procesos de relajación y bienestar, por ello su ausencia interviene también en la disregulación de estos dos factores, característica de la depresión.

Existen en la actualidad varios medicamentos antidepresivos de última generación que incluyen (aparte de a los inhibidores selectivos de la recaptación de serotonina), a los inhibidores selectivos de la recaptación de noradrenalina y de dopamina, dos neurotransmisores cerebrales que también intervienen en la regulación del estado de ánimo y otros factores involucrados en un trastorno depresivo. Como se ha dicho anteriormente, los medicamentos modernos, en general, tienen menos efectos secundarios que los medicamentos de generaciones anteriores, lo cual no obsta para que en determinadas ocasiones sea preciso recurrir a antidepresivos más antiguos por las características del medicamento o por la características del paciente, decisión que siempre corresponderá tomar al médico.

 Aparte del tratamiento farmacológico es muy importante en el tratamiento de la depresión, cuando ello esté indicado, el tratamiento psicoterapéutico, mediante psicoterapia cognitivo-conductual, psicoterapia psicoanálitica, psicoanálisis, psicoterapia familiar, etc. Existen casos de depresión que se van a beneficiar más de una psicoterapia bien enfocada que de un tratamiento farmacológico, en otros casos, el núcleo fundamental del tratamiento vendrá de la mano de un tratamiento con fármacos antidepresivos.

En algunos casos es necesario recurrir a la fototerapia (exposición controlada a la luz), a la deprivación de sueño e, incluso, en algunas depresiones resistentes, al electroshock, siempre bajo prescripción médica y con los controles profesionales preceptivos.