No se sabe exactamente la causa, pero sí se conoce que la tendencia a tener eczema suele ser hereditaria, por lo que un bebé tiene más probabilidades de tener dermatitis atópica infantil si los padres o un familiar cercano han tenido eczema, asma o alergias.

La dermatitis atópica infantil es una reacción alérgica a una sustancia, pero puede  ser desencadenada por alérgenos en la dieta del bebé o en la dieta de la madre si está amamantando. La erupción también puede agravarse por el calor, sustancias irritantes que entran en contacto con la piel del bebé (como la lana o los productos químicos en algunos jabones, lociones y detergentes), los cambios de temperatura y la piel seca.

El eccema puede ser causado por una alergia a la leche del bebé. Si el bebé es amamantado, puede ser alérgico a lo que la madre está comiendo. Para saber si ésta es la causa, debe llevarse al bebé a un alergólogo para hacerse la prueba para las alergias. El médico puede recetar una leche que compatible con su sistema.