Algunos niños con malnutrición proteico-energética se recuperan por completo. Otros tienen muchos problemas de salud durante toda la vida, incluidas discapacidades mentales e incapacidad para absorber los nutrientes por el tracto intestinal. El pronóstico depende de la edad, duración y gravedad de la desnutrición. Los niños pequeños tienen la mayor índice de complicaciones a largo plazo y de muerte. La muerte suele ser consecuencia de una insuficiencia cardíaca, desequilibrio electrolítico o temperatura corporal baja. Los niños con semiinconsciencia, diarrea persistente, ictericia, o niveles bajos de sodio en sangre tienen un peor pronóstico.