Los síntomas varían según la localización y la gravedad y se clasifican en:

–        Disentería amebiana intestinal

• Infección asintomática: No suele presentar síntomas, pero infecta a otros por contacto o por contaminación de alimentos o agua
• Infección crónica no disentérica: Se pueden experimentar síntomas durante largo tiempo y episodios recurrentes de diarrea de 1-4 semanas que se repiten durante años. Pueden aparecer cólicos abdominales, fatiga y pérdida de peso
• Disentería amebiana: En casos graves, el organismo invade la mucosa del intestino produciendo llagas, diarrea con sangre, dolor abdominal severo, vómitos, escalofríos y fiebre alta. Un caso agudo puede causar apendicitis, perforación de la pared del intestino o inflamación súbita y severa del colon
• Ameboma: Tejido en el intestino formado por el organismo amebiasis. Puede ser causa de una infección intestinal crónica o de una disentería amebiana aguda. Puede producir síntomas que imitan el cáncer u otras enfermedades intestinales
• Úlceras perianales: Estas áreas ulceradas son dolorosas al tacto

–        Amebiasis extraintestinal

La amebiasis extraintestinal incluye las formas que afectan a otros órganos. La más común es el absceso amebiano del hígado. Puede ser causada por una infección directa del hígado por E. histolytica o por una complicación de una amebiasis intestinal. Los pacientes se quejan de dolor en el pecho o el abdomen, fiebre, náuseas y sensibilidad directamente sobre el hígado.

Otras formas son las infecciones de los pulmones, la cavidad del pecho, el cerebro, o los genitales. Estas son extremadamente graves y tienen un índice de mortalidad relativamente alto.