Alrededor del 30%-40% de las mujeres que buscan ayuda por dispareunia llegan a tener un problema médico que está causando su dolor. Es necesario realizar un examen médico completo  para descartar una posible causa médica. Esto incluye un examen pélvico y puede también incluir una ecografía, así como otras pruebas diagnósticas. Ejemplos de posibles causas físicas son: infecciones, enfermedades de transmisión sexual, deficiencia de estrógenos y vestibulitis vulvar.

Una vez descartada una causa médica, una historia familiar y sexual completa puede ayudar a identificar las posibles causas psicosociales. Una evaluación psicológica puede determinar la causa del problema. Las mujeres que han sido violadas o maltratadas también pueden sufrir de desorden de estrés post-traumático o trastorno de ansiedad generalizada.

Hay dos tipos de dispareunia:

• La que ha durado toda la vida o dispareunia primaria, significa que ha estado presente durante toda la vida sexual de la persona afectada. Este tipo se suele asociarse con una educación donde se ha inculcado que el sexo es malo, ha habido abuso sexual, miedo al sexo o una primera experiencia sexual
• Dispareunia adquirida o secundaria, comienza después de un período de función sexual normal. Con frecuencia tiene una causa médica, pero puede ser el resultado de algún tipo de trauma, como una violación