Hay tres principales complicaciones que pueden derivarse del desarrollo del divertículo de Meckel. El problema más común es la inflamación o infección que imita la apendicitis. Este diagnóstico se define en el momento de la cirugía con sospecha de apendicitis. El sangrado causado por el tejido ectópico del estómago que produce una úlcera sangrante es el segundo problema más frecuente. El sangrado puede ser rápido o masivo. La tercera complicación potencial es la obstrucción debido a la invaginación intestinal, un giro en torno a una conexión permanente a la pared abdominal. Este problema se presenta como una obstrucción del intestino delgado, sin embargo la verdadera causa se identifica en el momento de la exploración quirúrgica.