Ambos tipos de embarazo molar se originan de un óvulo fertilizado anormalmente. En una mola completa, todos los cromosomas del óvulo fertilizado (estructuras diminutas con forma de filamento en células, donde se encuentran los genes) proceden del padre. Normalmente, la mitad tienen que proceder del padre y la otra mitad de la madre En una mola completa, poco después de la fertilización, los cromosomas del óvulo de la madre se pierden o inactivan y los del padre se duplican. En la mayoría de los casos de mola parcial, los 23 cromosomas de la madre permanecen, pero hay dos conjuntos de cromosomas del padre (por lo que el embrión tiene 69 cromosomas en lugar de los 46 normales). Un motivo por el que sucede esto es la fertilización de un óvulo por dos espermatozoides.

El embarazo molar supone un riesgo para la mujer embarazada, puesto que esta condición puede provocar una hemorragia excesiva. Ocasionalmente, la mole puede convertirse en un coriocarcinoma, una forma poco común de cáncer relacionado con el embarazo.