El tratamiento específico lo determina el médico basándose en:

• Edad, estado general de salud y antecedentes médicos
• Extensión de la enfermedad
• Tolerancia a determinados medicamentos, procedimientos o terapias
• Expectativas para la trayectoria de la enfermedad

Entre las opciones de tratamiento de la embolia destacan:

• Anticoagulantes: Disminuyen la capacidad de la sangre para coagularse, como la warfarina y la heparina
• Terapia fibrinolítica : Se administran por vía intravenosa para romper el coágulo
• Filtro de vena cava: Un pequeño dispositivo de metal colocado en la vena cava (el vaso sanguíneo grande que devuelve la sangre del cuerpo al corazón) evita que los coágulos viajan hacia los pulmones. Estos filtros se utilizan generalmente en pacientes que no pueden recibir tratamiento anticoagulante, que desarrollan coágulos aun con el tratamiento anticoagulante o que desarrollan complicaciones hemorrágicas de la anticoagulación
• Embolectomía pulmonar: Extirpación quirúrgica de una embolia pulmonar. Este procedimiento se realiza sólo en situaciones graves en los que la embolia pulmonar es muy grande y el paciente no puede recibir anticoagulación o terapia trombolítica por  otras consideraciones médicas o no ha respondido adecuadamente a los tratamientos y la condición del paciente es inestable
• Trombectomía percutánea: Inserción de un catéter en el sitio de la embolia, con la guía de una radiografía. Una vez el catéter está en su lugar, se utiliza para romper el émbolo, extraerlo o disolverlo mediante una inyección de medicamentos trombolíticos

Un aspecto importante del tratamiento de la embolia pulmonar es la profilaxis (prevención) para prevenir la formación de nuevas embolias.