Para el tratamiento del empiema, el médico y el paciente deben ponerse de acuerdo. Se pueden tomar dos formas de tratamiento, que van a depender de las decisiones médicas y del paciente, así como de la evolución de la enfermedad en el individuo y de factores físicos, como la edad, el sexo o forma física.

Se puede realizar un tratamiento con antibióticos para evitar los problemas asociados a las infecciones en la zona e intentar que el paciente mejore con la prescripción de medicamentos. Los antibióticos se prescriben para controlar la infección. 

La otra manera de tratar la patología es mediante una intervención quirúrgica. El médico coloca una sonda pleural para drenar completamente el pus. Un cirujano puede necesitar para llevar a cabo un procedimiento para despegar el revestimiento del pulmón (decorticación) si el pulmón no se expande adecuadamente.

El objetivo del tratamiento es curar la infección y eliminar la acumulación de pus en el pulmón.