Hay más de una docena de virus que puede causar encefalitis, extendidos por contacto humano o por mordeduras de animales. La encefalitis puede surgir con varias infecciones virales comunes de la infancia. Los virus y las enfermedades virales que pueden causar encefalitis son:

• Varicela
• Sarampión
• Paperas
• Epstein-Barr
• Infección por citomegalovirus
• VIH
• Herpes simple
• Herpes zoster (culebrilla)
• Herpes B
• Poliomielitis
• Rabia
• Transmitidas por virus en mosquitos (arbovirus)

La encefalitis primaria es causada por una infección directa del virus, mientras que la secundaria se debe a una reacción inmunológica post-infecciosa a la infección viral en otras partes del organismo. La encefalitis secundaria puede surgir con el sarampión, la varicela, las paperas y la rubéola. En la encefalitis secundaria, los síntomas generalmente comienzan entre 5-10 días después de la aparición de la enfermedad y se relacionan con la ruptura del tejido de mielina que cubre las fibras nerviosas.

Excepcionalmente, la encefalitis puede surgir tras la vacunación contra algunas de las enfermedades virales mencionadas anteriormente. La enfermedad de Creutzfeldt-Jakob, un desorden del cerebro muy poco común causado por una partícula llamada prion infecciosa, también pueden causar encefalitis.