La endocarditis se produce cuando los gérmenes entran al flujo sanguíneo, viajan hasta el corazón y se adhieren a las válvulas cardíacas anómalas o a tejido dañado del corazón. Las bacterias causan la mayoría de los casos, pero los hongos y otros microorganismos también pueden ser producirla.  

A veces el culpable es una de las muchas bacterias comunes que viven en la boca, garganta u otras partes del cuerpo. En otros casos, el organismo infractor puede entrar en el flujo sanguíneo a través de:

• Actividades comunes: Actividades cotidianas como lavarse los dientes o masticar los alimentos puede permitir que las bacterias entren en el torrente sanguíneo, especialmente si los dientes y las encías están en malas condiciones
• Una infección u otra condición médica: Las bacterias pueden transmitirse de una zona infectada, como una llaga en la piel. Una enfermedad de las encías, una enfermedad de transmisión sexual o un trastorno intestinal, como una enfermedad inflamatoria intestinal, también pueden dejar entrar bacterias en el flujo sanguíneo
• Catéteres o agujas: Las bacterias pueden entrar al organismo a través de un catéter o a través de agujas utilizadas para hacer tatuajes o perforaciones en el cuerpo. Las agujas y jeringas contaminadas son una preocupación para las personas que usan drogas intravenosas
• Algunos procedimientos dentales: Algunos procedimientos dentales pueden cortar las encías y permitir la entrada de bacterias al flujo sanguíneo

Normalmente, el sistema inmunitario destruye las bacterias que llegan al flujo sanguíneo. Incluso si las bacterias llegan al corazón, pueden pasar sin causar una infección.

La mayoría de las personas que desarrollan una endocarditis tienen una válvula cardíaca dañada o enferma, un lugar ideal para el desarrollo de bacterias. Este tejido dañado en el endocardio proporciona a las bacterias la superficie rugosa que necesitan para unirse y multiplicarse.